W 1997 został członkiem Krajowej Rady Transplantacyjnej, a w latach 1997–1999 był prezesem Polskiego Towarzystwa Transplantacyjnego. W 1998 otrzymał tytuł profesora nauk medycznych. Doszedł do stanowiska profesora zwyczajnego Śląskiego Uniwersytetu Medycznego i kierownika Katedry Kardiochirurgii i Transplantologii. W pracy zawodowej Marian Zembala specjalizował się w transplantologii serca i płuc, w 1997 jako pierwszy w Polsce wykonał transplantację pojedynczego płuca. W 2001 jako pierwszy w Polsce przeszczepił choremu płuco-serce, dokonał także zabiegu wszczepienia by-passów 103-letniej pacjentce. W 2011 został przewodniczącym rady naukowej przy ministrze zdrowia, a także krajowym konsultantem z zakresu kardiochirurgii. Był promotorem kilkunastu prac doktorskich, był członkiem krajowym korespondentem Polskiej Akademii Umiejętności, a także członkiem Komitetu Nauk Klinicznych Polskiej Akademii Nauk, Polskiego Towarzystwa Kardiologicznego, International Society for Heart and Lung Transplantation. Pełnił funkcję redaktora naczelnego czasopism naukowych „Kardiochirurgia i Torakochirurgia Polska” oraz „Interactive CardioVascular and Thoracic Surgery”. W kadencji 2017–2018 zajmował stanowisko prezesa Europejskiego Towarzystwa Kardio-Torakochirurgicznego (EACTS).
W 2017 ukazał się wywiad rzeka z Marianem Zembalą pt. Spotkania. Opowieść o wierze w człowieka, który przeprowadził Dawid Kubiatowsk
Czekamy na wyniki!